Mest kan aangezuurd worden door het rond te pompen en ondertussen zuur toe te dienen. In de praktijk wordt vrijwel altijd met zwavelzuur gewerkt, vanwege de kosten of veiligheidsnadelen van de alternatieven.

• Met het aanzuren van mest wordt niet alleen de methaanvorming geremd, maar ook de ammoniakemissie tijdens mestopslag en bij mest­toediening wordt sterk verminderd. Een lagere pH waarde van de mest geeft een lagere ammoniakemissie.
  
  
• Mest heeft een grote buffercapaciteitBuffercapaciteit:
  De buffercapaciteit geeft aan hoe goed een grondstof in staat is om zuren of basen te binden om daarmee de eigen pH-waarde in balans te houden. Hoe hoger de buffercapaciteit des te beter het hiertoe in staat is. . De pH kan door het bufferend vermogen van mest tijdens de opslag weer stijgen. Extra zuurdosering is dan nodig. In Denemarken wordt het aanzuren van mest net voor het uitrijden veel toegepast in combinatie met graanteelt (relatief lagere bemesting en zwavelbehoeftig gewas).
  
  
• Denk goed aan de veiligheidsaspecten. Het zwavelzuur is erg sterk en kan voor ernstige verwondingen zorgen. Daarnaast is er een risico op waterstofsulfide (H₂S) emissie tijdens het aanzuren. Dit is een giftig gas dat al snel dodelijk kan zijn voor mens en dier en zorgt voor roestvorming bij metalen. Zie www.mestgassen.nl
  
  
• Een belangrijk nadeel van het gebruik van aangezuurde mest is dat er bij jaarrond gebruik overbemesting met zwavel kan plaatsvinden. Op de meeste Nederlandse percelen is alleen in het voorjaar een zwavelgift nodig. Op een gemiddeld perceel grasland, kan naast de zwavel uit dierlijke mest nog circa 35 kg zwavel toegevoegd worden. Vooral in het voorjaar kan dit nuttig zijn. Zwavel is naast stikstof een belangrijke bouwsteen van eiwitten. Een teveel aan zwavel kan echter uitspoelen naar het grondwater en op die manier de waterkwaliteit aantasten. Als alle mest wordt aangezuurd kan tot wel drie maal meer zwavel bemest worden dan gewenst.
  
• Soms wordt als alternatief gedacht aan salpeterzuur (HNO₃). Naast de hogere kosten, aanvoer van extra stikstof en extra veiligheidsrisico’s is salpeterzuur echter niet aan te raden vanwege een ander ongewenst effect. Bacteriën in de mest reageren met salpeterzuur en organische stof en zetten ammonium stikstof om in lachgas. Lachgas is een zeer sterk broeikasgas, 300 maal sterker dan koolstofdioxide (300 CO₂eq).
  
  
• Organische zuren zoals azijnzuur zijn ook toepasbaar bij aanzuren van drijfmest, maar zijn om kostentechnische redenen niet interessant.

Mest kan aangezuurd worden door er veel energie in de vorm van koolhydraten (bijvoorbeeld suiker of zetmeel) aan toe te voegen. Bacteriën in de mest zetten dit om in azijnzuur en andere organische zuren waardoor de pH van de mest daalt.

• Het aanzuren via koolhydraten brengt minder veiligheids­risico’s met zich mee doordat er niet met gevaarlijke stoffen wordt gewerkt.
  
  
• Er zit een ethische kant aan het toevoegen van koolhydraten aan de mest, zolang deze koolhydraten geschikt zijn als voedsel of diervoeding. Daarnaast kan dit een forse kostenpost zijn.
  
  
• Door de biologische aanzuring wordt het methaan­potentieel sterk verhoogd, maar de omzetting naar methaan wordt geremd. Als de aanzuring goed verloopt zijn de methaan­vormende bacteriën ‘overvoerd’. Daardoor krijgen ze de zuren niet opgegeten en blijft het zuur in de vloeistof. Hierdoor verlaagt de pH. In dit zure klimaat kunnen de methaan-vormende bacteriën niet actief zijn, waardoor de methaan­vorming vermindert of zelfs stopt. Echter, als de pH regeling niet goed genoeg werkt kan de methaanvorming wel op gang komen en kan het juist tot meer methaanemissie leiden. In combinatie met vergisting van de mest kan het juist een positief effect op de opbrengst hebben.