Door te sturen op een goede benutting van het voer, wordt het methaanpotentieel van de mest verlaagd. Vaak nemen de organische stof verliezen via mest toe naarmate een dier ‘harder’ gevoerd (meer energie en eiwit) wordt. 

• Harder voeren houdt in: een hoogwaardiger rantsoen. Dit geeft een toename van de verteerbaarheid van de organische stof in het dier, wat leidt tot minder organische stof in de mest. Maar de totale opname van organische stof (kg per dag) neemt ook toe, waardoor er juist meer organische stof in de mest terecht komt.
  
  Deze balans van toe- of afname van organische stof in de mest wordt beïnvloed door:
  • De samenstelling van het voer. Als de hoeveelheid energie en eiwit die gevoerd wordt meer is dan het dier nodig heeft, leidt dit tot meer organische stof in de mest.
  • De voeropname (kg per dier per dag). Een hogere voeropname leidt tot een hogere doorstroomsnelheid door het maagdarmkanaal. Daardoor is er minder tijd om het voer te verteren, wat leidt tot meer organische stof in de mest.
• Als het dier alle verteerbare organische stof zelf benut, komt er in de mest geen organische stof terecht. Dan vindt er geen fermentatie plaats en ontstaat er dus geen methaan uit mest. In de praktijk is 100% benutting van organische stof niet mogelijk, maar door te sturen op een hogere benutting in het dier, verlaagt de hoeveelheid organische stof in de mest.
  
  
• Het kan in sommige gevallen nuttig zijn om verliezen via mest te accepteren. Bijvoorbeeld omdat er een snelle groei, lage emissie uit pensfermentatie of hoge melkproductie wordt nagestreefd. Om bedrijfseconomische redenen wordt daarom meestal niet gestuurd op een lage hoeveelheid organische stof in de mest, maar op de productiedoelstelling (bijvoorbeeld vlees of melk). Dit kan strijdig zijn met het verlagen van het methaanpotentieel in de mest.

Door de mest te scheiden kan de organische stof deels uit de vloeistof verwijderd worden.

• Door de urine zo snel mogelijk af te voeren en de mest snel te verwijderen vindt scheiding bij de bron plaats. Dit voorkomt deels het mengen van organische stof met vloeistof. Het scheiden van mest en urine zorgt voor minder methaanvorming omdat er minder organische stof in de anaerobe vloeistof terecht komt. Daarnaast zorgt het sneller afvoeren van urine naar een gesloten opslag voor minder ammoniakemissie.
  
  
• Gangbare mestscheiders zoals schroef-, vijzel- en rollen­persen zijn ontworpen om het vezelige materiaal uit drijfmest te halen. Dit wordt in de praktijk vaak als vaste mest of boxenstrooisel gebruikt. De persen hebben echter maar een klein effect (<20%) op het gehalte verteerbare organische stof in de dunne fractie. Om een grote reductie (40-80%) in het methaanpotentieel te halen kan de mest beter gescheiden worden met een decanter/centrifuge of in combinatie met een vlokmiddel (poly-elektroliet).

Sommige emissiearme stalsystemen hebben een gedeeltelijke afvang van mest of urine, met als doel een lagere ammoniakemissie. De uitvoering van het stalsysteem kan ook invloed hebben op de methaanemissie. Met een goedwerkend stalsysteem kan een vergelijkbaar effect bereikt worden als met een mestscheider.

• Om de methaanemissie te verlagen moet er zo min mogelijk organische stof in anaerobe omstandigheden in de stal afgebroken worden. Daarom is het van belang om de organische stof (vooral in de mest) zo goed mogelijk gescheiden te houden van urine en/of snel af te voeren uit de stal.
  
  
• De werking van emissiearme stalsystemen is sterk afhankelijk van het management. Bijvoorbeeld: een grotendeels dichte vloer met aflopende sleufjes voor urine kan een goede afvoer van urine opleveren, mits deze goed schoon is. Bij een verstopte afvoer blijft er juist meer drijfmest op de vloer liggen wat kan leiden tot pootproblemen en hogere ammoniakemissie. Soms zelfs hoger dan bij een roostervloer. Naast de vloer heeft de boer, en het voer, het grootste effect op de emissie.

• Door opvangen van zuivere urine kan de omzetting van ureum naar ammoniak voorkomen worden. In de praktijk blijkt er echter vrijwel altijd toch enige besmetting met mest­deeltjes te zijn, waardoor deze omzetting toch plaatsvindt. Het scheiden van urine en mest is daarmee in de praktijk geen vervanging van emissiearme opslag en aanwending maar draagt daar wel aan bij.

Het meten van methaanpotentieel is een relatief dure analyse. Een indicatie voor het methaan­potentieel is de niet effectieve organische stof (nEOS). Dit is het gedeelte van de organische stof (OS) die in de bodem binnen een jaar afbreekt. Uit deze relatief gemakkelijk afbreekbare organische stof komt de meeste methaan.

Formule: nEOS = OS min EOS